L'Unione Sportiva Acli è un'associazione democratica che elegge i propri organi attraverso il congresso, convocato ordinariamente ogni 4 anni. Gli organi e la struttura nazionale operano in particolare su mandato del Congresso Nazionale -costituito dai delegati eletti dai congressi provinciali-, che valuta l'attività svolta e definisce gli obiettivi dell'USAcli per ogni quadriennio. In Congresso vengono eletti il Presidente Nazionale, i componenti del Consiglio Nazionale di sua competenza e i Probiviri Nazionali. La Presidenza Nazionale viene eletta, su proposta del Presidente, dal Consiglio Nazionale nella prima riunione dopo il Congresso.

La Presidenza Nazionale è l'organo esecutivo e di amministrazione dell'USAcli. Attua i programmi di attività decisi dal Comitato e svolge i compiti indicati dal regolamento.

Il Consiglio Nazionale è l'organo deliberativo dell'Usacli. E' composto dai componenti eletti dal congresso nazionale, dai presidenti regionali, dagli ex presidenti nazionali, dal rappresentante della presidenza nazionale Acli, dai presidenti delle realtà riconosciute degli altri paesi europei ed extraeuropei.

Il Collegio dei Probiviri è l'organo di disciplina e giustizia interna all'USacli. A livello nazionale è composto da 5 membri effettivi e 2 supplenti

I Revisori dei Conti che sono nominati dalla Presidenza delle Società sportive e dai Comitati provinciali, regionali e nazionale, verificano la correttezza degli atti amministrativi della contabilità e della situazione di cassa e redigono una relazione che viene presentata e discussa nelle riunioni degli Organi che hanno all'O.d.G. l'approvazione dei conti economici.